南师附中江宁分校为东南大学优质生源基地。2018年，学校与东南大学签订战略合作框架协议，开启两校的深度合作。2019年7月，在2019级高一新生入学仪式上，学校张士民校长与东南大学王保平常务副校长为两校战略合作重点项目“东南大学基地班”揭牌。东南大学基地班的创建，将两校联合培养拔尖创新人才的合作推向更深层次。自东南大学基地班创建以来，学校与东南大学通力合作，构建了三年一体化课程体系，通过“走进东南大学”“学科拓展延伸”“东南大学先修课程” “学长导师指导”和“东南大学学科营”等系列课程，帮助学生感受大学文化、体验科研过程、激发学科兴趣、提高创新能力、树立科学志向，进而培养一批具有学科特长和创新能力的优秀高中生。

南京农业大学近期也向该校发来喜报，祝贺吕子健、严毅两位同学荣获学校三好学生一二等奖学金，吕子健、郭雨两位同学保送攻读研究生。

在百年附中文化和学校多元课程的濡染下，分校学子表现出“诚、朴、雄、伟”的可贵人格特征，进入高校后，发展后劲足，表现优异，成绩显著，赢得了高校和社会的广泛赞誉。2014届校友宋海翔、吴悠在共同创作献给分校的歌曲《吉印大道1999号》时说：“在分校浸染过的孩子，身上都散发着分校的文化底蕴。”学校将继续努力，为学生的成长搭建更多的平台，开辟更多的路径和通道。